Incorporado ao Programa REBIMAR, o ecossistema de manguezal é importantíssimo para a conservação dos ambientes costeiros. A região da Grande Reserva Mata Atlântica detém uma das maiores áreas de mangue de todo o planeta. O manguezal é um importante regulador climático, sequestrando carbono e retendo-o no interior do solo lamoso, além de proteger a costa das ações extremas da maré. É um importante berçário para diversas espécies, inclusive do mero, que utilizam os manguezais como local de alimentação e proteção contra prestadores em suas fases juvenis.

O Programa REBIMAR atua no manguezal em duas amplas frentes de pesquisa: o monitoramento de parcelas de vegetação e o monitoramento de invertebrados, a exemplo do caranguejo-uçá (Ucides cordatus). Com a ajuda de catadores de caranguejo, a equipe analisa o estado de saúde do mangue, com uma metodologia utilizada pelo ICMBio – o Programa MONITORA – para avaliação do manguezal em todo o território nacional. As regiões onde essas ações ocorrem são: Guaratuba, Paranaguá, Guaraqueçaba, Cananéia e Iguape.